芝山岩遺址的考古工作自1982年由臺大黃士強展開,開啟了遺址的考古發掘工作,確認其擁有獨特的芝山岩文化及圓山文化的文化內涵。而後1995至2001年劉益昌的考古工作中更確認了從大坌坑/訊塘埔/圓山/芝山岩而至植物園早期等史前文化層序,說明芝山岩遺址是一個擁有多文化層的遺址。